Die Sächsisch-Böhmische Schweiz ist durch ihren außerordentlichen Reichtum an Farnen bekannt. Durch ihn erhält die Flora des felsigen Schluchtwaldes ihr eigentümliches Aussehen. 32 der 38 sächsischen Farnarten konnten im Gebiet nachgewiesen werden. Leider sind in den letzten Jahrzehnten bereits neun Arten ausgestorben. Darunter die einst „berühmteste“ Pflanze der Sächsischen Schweiz (sie wuchs unter anderem im Uttewalder Grund) – der sonst an den Küsten des Atlantiks wachsende Hautfarn (Hymenophyllum tunbridgense). Ebenso verschollen sind unter anderem Brauns Schildfarn (Polystichum braunii ), der Hirschzungenfarn (Asplenium scolopendrium) und der Rostrote Wimpernfarn (Woodsia ilvensis).
Als floristische Kostbarkeiten kommen heute noch der Grünstielige Streifenfarn (Asplenium viride), die Natternzunge (Ophioglossum vulgatum) und der Dornige Schildfarn (Polystichum aculeatum) in der Sächsischen Schweiz vor.
Von den häufigen und in feuchten, kühlen Schluchten wachsenden Farnen seien folgende Arten genannt: der Breitblättrige Dornfarn (Dryopteris dilatata) ist der häufigste und fast allgegenwärtige Farn der Sächsischen Schweiz, der durch seine blaugrüne Farbe und die mit dunklem Mittelstreif gekennzeichnete Spreuschuppe gut erkennbar ist. Fast ebenso häufig ist der hell- bis mittelgrüne Wald-Frauenfarn (Athyrium filix-femina), der als charakteristische Pflanze in keiner Schlucht fehlt. Seine Wedel sind ein- bis zweifach gefiedert. Die Fiederchen sind oft mehrfach gesägt, die Sori (Sporenbehälter) länglich bzw. kommaförmig ausgprägt. Der Gemeine Wurmfarn (Dryopteris filix-mas), der in den Sandsteingebieten nur in den Auebereichen der Bäche zerstreut vorkommt, ist meist glattrandig und hat runde Sori. Der in der Sächsischen Schweiz recht häufig vorkommende Buchenfarn (Phegopteris connectilis) hat blaugrüne, lanzettliche Fiedern, wovon das unterste Paar abwärts gerichtet ist. Er wächst in feuchten, humosen Laub- und Nadelwäldern, an kleinen Waldrinnsalen und bei uns sehr häufig an schattigen und feuchten Felsen. Eine gewisse Bindung an die submontanen Buchenwälder besitzt der in der Sächsischen Schweiz regelmäßig vorkommende Eichenfarn (Gymnocarpium dryopteris). Sein lebhaft grünes Blatt ist auf dem sehr dünnen Blattstiel fast waagerecht ausgebreitet. Die dunkelgrünen Blattrosetten des Rippenfarnes (Blechnum spicant) sind kaum mit anderen Farnarten zu verwechseln. Die atlantisch-subatlantische Bergwaldpflanze hat in Sachsen neben dem Erzgebirge ihren Verbreitungsschwerpunkt im Elbsandsteingebirge. Neben dem Straußenfarn (Matteuccia struthiopteris) ist er bei uns der einzige Farn, der eigenständige Fruchtwedel entwickelt. Aber auch das Auftreten verschiedener Streifenfarne an kleinflächigen Kalksandsteinvorkommen, wie dem Grünstieligen Streifenfarn (Asplenium viride) und einer sehr seltenen Unterart des Braunstieligen Streifenfarnes (Asplenium trichomanes subsp. pachyrachys) stellt eine Besonderheit des Gebietes dar.
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