Insektenfresser, wie der Maulwurf und verschiedene Spitzmausarten, sind recht weit verbreitet. Der Maulwurf besiedelt sogar die Sandstein-Felsgebiete. Zu den seltensten Arten zählt die Sumpfspitzmaus. Der Braunbrustigel, der früher in großer Zahl flächendeckend im Gebiet lebte, hat stark unter dem steigenden Autoverkehr gelitten und kommt viel seltener als früher im Gebiet vor. Von den 19 in Sachsen dokumentierten Fledermausarten konnten in der Sächsischen Schweiz bisher 17 Arten nachgewiesen werden. Raritäten sind Fransenfledermaus und Bechsteinfledermaus. Von Bartfledermaus und Kleiner Hufeisennase, die hier zwar nachgewiesen wurden, gibt es bisher aus dem Gebiet allerdings keine Reproduktionsnachweise.
Als FFH-Anhang-II-Art genießt das Große Mausohr hohen europäischen Schutzstatus / Foto: Archiv Nationalparkverwaltung
Hingegen sind vom Großen Mausohr mehrere Wochenstuben (bis zu 250 Tiere) und von der Wasserfledermaus eine ganze Reihe von Winterquartieren bekannt. Das Braune Langohr und die Zwergfledermaus verkörpern die am weitesten verbreiteten Fledermausarten der Region. In neuerer Zeit wurde auch die Mückenfledermaus in der Sächsischen Schweiz nachgewiesen. Nur als Durchzügler tritt im Gebiet die Rauhhautfledermaus auf. Für den Abendsegler ist die Sächsische Schweiz als Überwinterungsgebiet von Bedeutung. Nur wenige Nachweise von Einzeltieren liegen von der Breitflügelfledermaus, der Zweifarbfledermaus, der Mopsfledermaus und dem Grauen Langohr sowie bislang nur ein einziger von der Nordfledermaus vor.
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